A fines de la década del 90, debido a la creciente necesidad de generar un ámbito de discernimiento en temas relacionados con el respeto a la vida humana, las nuevas tecnologías y los cuestionamientos que se planteaban en la práctica institucional de la medicina, un grupo de médicos comenzó a ofrecer su ayuda a los colegas que afrontaban dilemas éticos en el tratamiento de sus pacientes. El primer Comité de Bioética de la Clínica Universitaria Reina Fabiola surgió en el año 1999. La actividad y las consultas crecieron y motivaron la convocatoria de nuevas disciplinas: abogados, sacerdotes, médicos legistas y docentes en filosofía y ciencias sociales. Fruto de esa tarea fueron las publicaciones de la Serie Cuadernos de Orientación sobre: reproducción humana; eutanasia, muerte digna y cuidados paliativos; donación y trasplante de órganos, entre otras.

Las exigencias académicas y el crecimiento de la Bioética como disciplina con horizontes cada vez más extendidos hicieron que se decidiera la creación de un Centro de Bioética de la UCC en el año 2001 (Resolución Rectoral Nº 289, del 19 de octubre 2001) con una visión más amplia e interdisciplinaria y que involucrara a toda la Universidad, sea en sus miembros como en su actividad e influencia. En ese primer período, de creciente desarrollo se constituyeron las bases estructurales y organizativas del Centro y se promulgó su primer reglamento en el que, además de delinear las características organizativas y de funcionamiento, se dejó establecido que dicho Centro interdisciplinar dependería directamente del Rectorado.

Mientras tanto el Comité de la Clínica Universitaria se diferenció y continuó con sus actividades como Comité Institucional de Bioética, con funciones de asesoramiento y docencia y manteniendo una relación orgánica con el Centro de Bioética.

Con su conformación como Centro de Bioética de la Universidad Católica de Córdoba, se inició un largo camino que se fue entrelazando con la trayectoria de la Universidad, por un lado, con sus avances y desarrollos, y por el otro, con el propio camino de la Bioética como disciplina. Es decir, existen una serie de iniciativas institucionales de importante desarrollo en nuestra Universidad, que se han relacionado con el concepto de bioética. En el ámbito de la docencia, la creación del Departamento de Formación, para brindar una perspectiva humanista y cristiana en las diversas asignaturas del área de ética, entre otras áreas relacionadas. En el ámbito de la investigación, el asesoramiento en materia de dilemas éticos y el desarrollo de determinados protocolos. En materia de vinculación con la sociedad, el enfoque de Responsabilidad Social Universitaria ha ganado un importante reconocimiento. De esta forma, en docencia, investigación y proyección social la Universidad posee enfoques de amplio impacto, que demuestran su compromiso con el concepto de bioética y su entrelazamiento con el Centro de Bioética.

Desde el año 2020 el Centro modifica su reglamento interno, promoviendo nuevos objetivos y una estructura más ágil para fomentar el trabajo interdisciplinario. Así mismo, el Centro de Bioética pasa a formar parte del Área Humanidades de la Universidad